Έχουν περιγραφεί περισσότεροι από εκατό τύποι του ιού, και περισσότεροι από σαράντα από αυτούς μπορούν να προσβάλουν το επιθήλιο της πρωκτογεννητικής χώρας. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η λοίμωξη από τον HPV είναι παροδική και ασυμπτωματική. Σε μικρό ωστόσο ποσοστό, λοίμωξη με τύπους υψηλού κινδύνου οδηγεί στην ανάπτυξη προκαρκινικών βλαβών, μέρος των οποίων μπορεί έπειτα από πάροδο ετών να εξελιχθεί σε καρκίνο.
Ο χρόνος επώασης του ιού ποικίλει από έξι εβδομάδες έως και οκτώ μήνες, ενώ στη λανθάνουσα μορφή του (δηλαδή από τη στιγμή της μόλυνσης έως και την κλινική εκδήλωση της νόσου) μπορεί να παραμείνει και για δέκα χρόνια. Συνολικά, ο HPV αποτελεί σήμερα το συχνότερα απαντώμενο σεξουαλικά μεταδιδόμενο λοιμογόνο παράγοντα παγκοσμίως.
Αν και η HPV λοίμωξη αποτελεί σεξουαλικά μεταδιδόμενο νόσημα, η πλήρης σεξουαλική επαφή με είσοδο του πέους στον κόλπο δεν είναι απαραίτητη για τη μετάδοση του ιού. Έρευνα σε ομοφυλόφιλες γυναίκες που δεν είχαν ποτέ επαφές με άνδρες, βρέθηκαν να έχουν τον ιό σε ποσοστό 6%. Ο ιός μπορεί να εγκαθίσταται αρχικά σε ένα σημείο του πρωκτογεννητικού σωλήνα και να αυτοενοφθαλμίζεται, εν συνεχεία, και σε άλλη θέση.
